Ana Botín comenzó a trabajar en JP Morgan con poco más de 20 años, algo que siempre ha valorado mucho porque, como ella misma aclara, lo hizo sin ayuda de su padre. Tras perder a una niña, la actual directora del Santander decidió cambiar y fichar por el banco Santander, algo en lo que su padre tampoco tuvo nada que ver: "Ninguno de los dos lo planificamos, él nunca me pidió que me fuese a trabajar allí".
Los problemas llegaron en enero de 1999 con la fusión del Banco Santander y el Central Hispano. Ana Botín cuenta cómo su padre le pidió por teléfono que se fuese, ya que la fusión no sería posible si ella continuaba allí. Aunque cree que "hizo lo que tenía que hacer", reconoce que las formas le hicieron mucho daño: "De las frases que te dicen en ese momento te acuerdas siempre. Lo más duro fue lo que dijo en una junta de accionistas... porque me dejó regular y hay que tener una cierta sensibilidad".