La segunda temporada de la serie depara nuevos y sorprendentes misterios, como la aparición de un nuevo personaje, una chica llamada Jessi XX (papel interpretado por Jaimie Alexander) que al igual que Kyle no tiene ombligo.
Esta temporada despeja muchas dudas acerca del pasado de Kyle, plantea nuevas preguntas y en ella Kyle se enfrenta a nuevos peligros. La primera temporada finalizó cuando Kyle abandonaba el hogar de los Trager. Ahora, Kyle vuelve de nuevo a reunirse con la familia Trager bajo la supervisión de Tom Foss.
Pero el hogar de los Trager está sufriendo alteraciones con los cambios de trabajo de Stephen, con la relación sentimental de Dori y Declan y las nuevas amistades de Josh. Por su parte, Kyle seguirá cultivando su romance con Amanda y ocupándose de otros sorprendentes asuntos, entre ellos su relación con Jessi XX y el perfeccionamiento de sus habilidades.