Año 2015. Ayato Kamina es un joven de 17 años que vive en un Japón completamente aislado del mundo exterior. A pesar de que en Tokyo la vida transcurre en aparente normalidad, más allá de sus muros lo que queda de la raza humana lleva quince años librando una batalla desesperada contra las fuerzas invasoras que han devastado el resto del mundo. Cuando esa guerra se traslade al interior de la ciudad de Tokyo, Ayato descubrirá horrorizado que ya no puede confiar en la realidad que le rodea. Despertará en un mundo nuevo donde la única oportunidad de supervivencia de la humanidad pasa por descubrir todos los secretos de un gigantesco robot que aparentemente sólo él puede controlar, el arma definitiva conocida como Rahxephon.
El mundo de Rahxephon
Edad: 17 años
Adolescente de 17 años cuya vida cambió para siempre al descubrir la guerra que la humanidad libraba contra los invasores más allá de los muros de Tokio Júpiter. Solitario e introvertido, prefiere pasar el tiempo dibujando antes que ponerse a los mandos del arma definitiva que aparentemente sólo él puede controlar: el Rahxephon.
Edad: 17 años
Aparentemente una antigua compañera de clase de Ayato en Tokyo Júpiter, esta muchacha se encuentra envuelta en un aura de misterio. Desde su supuesta muerte, se le ha aparecido una y otra vez a Ayato. Lo único que parece claro es que representa un factor clave en el vínculo que une a Ayato con el Rahxephon.
Edad: Desconocida
Extraña joven que goza de total libertad de movimientos dentro de TERRA. Se la considera hermana de Itsuki Kisaragi, aunque en realidad no existe ningún lazo de sangre entre ellos. Se muestra amable con todo el mundo, especialmente con Ayato, a quien confunde con su misterioso comportamiento y sus frases crípticas.
Edad: 29 años
A sus 29 años, es capitana de una unidad especial bajo el mando del Departamento de Inteligencia II de TERRA. Inteligente y con un fuerte carácter fue la encargada de infiltrarse en Tokyo Jupiter y liberar a Ayato. Parece preocuparse profundamente por Ayato, aunque sólo ella conoce la verdad sobre la relación entre ambos.
Edad: 14 años
Joven operadora de TERRA en periodo de instrucción. Es la encargada de hacer que Ayato se sienta como en casa tras su llegada a Nirai Kanai. Extrovertida y alegre, se muestra algo insegura en el terreno sentimental. Es la hermana pequeña de Haruka, a la que la une una estrecha relación a pesar de que tienen sus más y sus menos.
Edad: 18 años
Operadora de TERRA. Se unió a la organización para vengar la muerte de sus padres, que fueron asesinados por uno de los Dolems de Mu mientras se encontraban de visita en Australia. Es la mejor amiga de Megumi, aunque esto podría cambiar cuando ésta descubra que mantiene una relación con Soichi a sus espaldas.
Edad: 22 años
A pesar de su juventud, ostenta el rango de comandante y es el segundo al mando en TERRA. Brillante estratega, toma el mando de TERRA cuando Kunugi no se encuentra presente. A pesar de que en ocasiones puede resultar algo pedante, se ha ganado el aprecio y el respeto de todos los miembros de la organización.
Edad: 27 años
Líder del Escuadrón Alpha y la mejor piloto a las órdenes de TERRA. Orgullosa y muy segura de sí misma, está dispuesta a sacrificar su vida y la de sus hombres en sus misiones de apoyo al Rahxephon. De origen indonesio, es una de las mejores y más antiguas amigas de Haruka con la que ha compartido muchas noches de copas.
Ayato Kamina
Mishima Reika
Quon Kisaragi
Haruka Shitow
Megumi Shitow
Kim Hotal
Soichi Yagumo
Elvy Hadhyat