José Antonio Alonso también fue portavoz del PSOE en el Congreso de los Diputados entre marzo de 2008 y febrero de 2012.
El 20 de diciembre de 2012 decidió abandonar la política y renunciar a su escaño por León.
Alonso ascendió a magistrado en 1988, y un año más tarde fue nombrado juez penal en Madrid, y poco después, magistrado de la Audiencia Nacional. Entre 1994 y 1998, fue el portavoz de Jueces para la Democracia y entre 2001 y 2004 vocal del Consejo General del Poder Judicial (CGPJ), cargo que dejó tras la llegada al poder de José Luis Rodríguez-Zapatero.
El militante socialista había sufrido un ictus en junio de 2011 del que se recuperó, pero al año siguiente se le diagnosticó un cáncer de pulmón, contra el que ha estado tratándose sin resultados.