La Nave del Misterio pone rumbo hacia dos historias llenas de controversia y misterios. Por un lado, Iker Jiménez y sus colaboradores intentarán descubrir toda la verdad acerca de la muerte del General Prim e investigar si hubo o no conspiración . Además, llega a Cuarto Milenio uno de los asuntos más controvertidos del mundo del misterio: los enigmáticos 'círculos de las cosechas'.