Nació el 8 de diciembre de 1976 en Berlín. Estudió Filología Inglesa, Teatro y Geografía en el Instituto St. Anne's RC.
Formó parte del equipo de teatro desde sus primeros años en la escuela, participando en obras como Oliver Twist, A Christmas Carol y Bugsy Malone.
Tras el rodaje de El Señor de los Anillos, Monaghan se trasladó a Los Ángeles con su compañero Elijah Wood. Ha participado en la serie televisiva Chuck y en X-Men origins: Wolverine.