Episodio 1: Sección 9 de seguridad pública - SECCIÓN 9"
La Sección 9 con Makoto Kusanagi al frente es enviada a resolver una delicada crisis de rehenes en la que se han visto atrapados destacados políticos. Tras esta simple misión se oculta una compleja trama de espionaje tecnológico.
Episodio 2: Certificado de enajenación - TESTAMENTO
Un tanque de asalto de última generación ha escapado fuera de control. Ante la negativa del ejército a intervenir, la Sección 9 recibe carta blanca para poner fin a su sendero de destrucción y determinar las causas de su mal funcionamiento.
Episodio 3: Una modesta rebelión - ANDROIDE Y YO
Cuando una serie de androides obsoletos comienzan a suicidarse uno tras otro, la Sección 9 es enviada a investigar a su fabricante. El descubrimiento de un virus informático les conducirá hasta un misterioso hacker y su fiel androide.
Episodio 4: El dispositivo visual que ríe - INTERCEPTOR
Togusa recibe la llamada de un antiguo amigo que le pone sobre la pista de una conspiración a gran escala. Su investigación permite reabrir el caso del Hombre que ríe, un pirata informático que jamás ha podido ser capturado.
Episodio 5: Hasta que la gallina de los huevos de oro cante - SEÑUELO
La Sección 9 dispone de 36 horas para desenmascarar al Hombre que ríe antes de que cumpla su amenaza de asesinar al Superintendente. Todas las pistas apuntan al Jefe de Policía, pero quizá podría tratarse de un señuelo
Episodio 6: El baile de los mímicos - MEME
El misterioso Hombre que ríe revela su arma secreta: un virus informático que le permite controlar individuos a distancia. La Sección 9 deberá neutralizar a toda clase de improvisados asesinos para proteger la vida del Superintendente.
Episodio 7: Idolatría - IDÓLATRA
Siguiendo órdenes del Ministerio de Exteriores, la Sección 9 sigue de cerca a un líder revolucionario extranjero que está de visita en el país. Tras él se oculta una oscura trama política y un original método de alcanzar la vida eterna.
Episodio 8: Los afortunados - CORAZONES EXTRAVIADOS
La Sección 9 comienza a investigar una red de tráfico de órganos tras descubrir el sospechoso origen del corazón que acaba de ser transplantado a una niña. Este caso reabre viejas heridas en Kusanagi, que lo convierte en algo personal.
Episodio 9: El hombre que acecha en la oscuridad de la red - ¡CHAT! ¡CHAT! ¡CHAT!
La amenaza invisible del Hombre que ríe da pie a toda clase de teorías acerca de su origen y función. Kusanagi trata de descubrir algún dato más sobre él a través de un chat futurista en el que nada ni nadie es lo que parece.
Episodio 10: Un día perfecto para una travesía por la jungla - TRAVESÍA POR LA JUNGLA
La Sección 9 debe atrapar a un asesino en serie estadounidense con una metodología especialmente brutal. El asesino en cuestión guarda relación con ciertos experimentos militares y un oscuro secreto del pasado de Batou.
Episodio 11: En el bosque de los subimagos - RETRATOS
Togusa investiga unos centros destinados al tratamiento de un síndrome de rechazo de las interfaces cibernéticas en los cerebros artificiales. Lo que descubre allí puede ser la clave para resolver el misterio del Hombre que ríe.
Episodio 12: El Tachikoma fugitivo. El sueño de un director de cine - EVASIÓN
Uno de los Tachikomas de la Sección 9 escapa fuera de control y se une a una una niña en su búsqueda de un perro perdido. Kusanagi descubre que el causante de la situación es el fantasma cibernético de un director frustrado.
Episodio 13: No es igual a terrorista - NO ES IGUAL
La Sección 9 se infiltra en una planta industrial para rescatar a una joven heredera secuestrada por terroristas anti-cibernéticos 16 años atrás. El misterio es que la víctima parece no haber envejecido un solo día desde entonces.
Episodio 14: Capitalismo automatizado - ¥$
Una serie de ataques contra intereses japoneses permite a la Sección 9 sacar a la luz un plan de venganza orquestado por socialistas chinos. Su objetivo es un matemático que se retiró tras hacerse multimillonario en el mercado bursátil.
Episodio 15: La era de las máquinas - LAS MÁQUINAS DEL DESEO
Kusanagi sospecha que las unidades Tachikoma de la Sección 9 comienzan a ser conscientes de su propia existencia. Por su parte, los Tachikoma piensan un plan para evitar que los recelosos humanos los desactiven.
Episodio 16: Una grieta en el espíritu - Ag2O
A Batou se le asigna el caso de un oficial de seguridad pública corrupto que está vendiendo información confidencial. El caso resultará especialmente difícil para Batou, ya que el culpable es una especie de héroe personal para él.
Episodio 17: La verdad sobre el romance inconcluso - LA INTERVENCIÓN DE LOS ÁNGELES
Aramaki y Kusanagi asisten a una conferencia sobre anti-terrorismo en Londres. Ambos se verán atrapados en una compleja trama de blanqueo de dinero y corrupción cuando unos criminales tomen a Arimaki como rehén.
Episodio 18: Dueto de asesinos - LA HERENCIA PERDIDA
Los miembros de la Sección 9 deben encargarse de la protección del Ministro de Exteriores chino que se encuentra de visita en el país. Un viejo amigo de Aramaki que falleció años atrás parece involucrado en un plan para asesinarlo.
Episodio 19: El abrazo de una red enmascarada - CAUTIVANTE
Lo que comienza como una investigación rutinaria de múltiples casos de secuestro, acaba convirtiéndose en una carrera contrarreloj de la Sección 9 para salvar las vidas de las víctimas de una red de tráfico de órganos.
Episodio 20: Medicación desaparecida - RE -VISIÓN
La sombra del Hombre que ríe todavía planea sobre la Sección 9. Siguiendo la pista del misterioso pirata informático, las investigaciones de Batou le llevan hasta una organización no gubernamental conocida como la Sociedad Girasol.
Episodio 21: El rastro que dejamos atrás - BORRADOR
Cuando Togusa resulta gravemente herido durante una investigación, el resto de la Sección 9 decide ocuparse del caso. Algunos políticos enviarán fuerzas armadas a interceptarlos para que no sigan adelante con la investigación.
Episodio 22: Injerto corporativo - ESCÁNDALO
Al visitar a un respetado médico para que la ayude a ajustarse a su nuevo cuerpo prostético, Motoko no se imagina que acabará luchando por su vida. Aramaki recibe un anónimo que asegura que su hermano ha sido secuestrado.
Episodio 23: El final alternativo de la dicotomía - EQUINOCCIO
La historia se repite. Al igual que sucedió hace seis años, el presidente de Genómicas Serano es secuestrado por El hombre que ríe. La Sección 9 pondrá todos los medios a su alcance para que esta vez todo sea diferente.
Episodio 24: Puesta de sol en la ciudad solitaria - ANIQUILACIÓN
El gobierno ordena la disolución de la Sección 9. Cuando Aramaki y Togusa son eliminados, Motoko reúne al resto del equipo para una última misión. Antes, tendrán que resistir un ataque a gran escala de las fuerzas armadas.
Episodio 25: Lluvia de balas - BOMBARDEO
Los miembros de la Sección 9 son capturados uno por uno por las fuerzas gubernamentales hasta que sólo quedan Motoko y Batou. Batou decide arriesgarse a visitar el apartamento de Motoko aunque sabe que está vigilado.