Las palabras de Makuei llegan tras los últimos ataques en las carreteras que conectan la capital, Yuba, con las ciudades de Yei y Nimule, que se han saldado con decenas de muertos.
Así, ha explicado que las fuerzas de seguridad podrían causar bajas entre la población civil en sus operaciones contra los grupos armados, al no poder distinguir entre ellos si las comunidades les acogen.
"Si enviamos al Ejército para ir a buscar a esta gente, hay civiles que podrían ser víctimas de la situación", ha apuntado, según ha informado la emisora sursudanesa Eye Radio.
"Por ello, recomendamos a las comunidades que actúen de forma acorde. En caso contrario, significa que eres un criminal o un terrorista", ha remachado Makuei.
El martes, dos asesores de la Presidencia de Sudán del Sur hicieron un llamamiento a la calma y la reconciliación desde el estado de Yei tras los últimos ataques mortales.
Estos sucesos han llevado al Gobierno de Sudán del Sur a reclamar a la comunidad internacional que declare como "terroristas" a las fuerzas del líder rebelde Riek Machar, si los rebeldes han negado cualquier responsabilidad.
El Movimiento de Liberación del Pueblo de Sudán-En Oposición (SPLM-IO) firmó en agosto de 2015 un acuerdo de paz con el Gobierno según el cual Machar volvería a la Vicepresidencia, si bien la aplicación del mismo sufrió varios retrasos y acabó por desmoronarse con los enfrentamientos de julio, en los que murieron más de 300 personas.
A finales de septiembre, Machar destacó que el citado acuerdo de paz "es caduco" y abogó por reorganizar sus fuerzas para llevar a cabo "una resistencia popular armada contra el régimen autoritario y fascista de (el presidente, Salva) Kiir".