Los investigadores aseguran que los sistemas de comunicación del avión se desconectaron y se desvió al aparato de la ruta de forma deliberada. Así la sospecha se centra en el piloto y el copiloto. La policía ha registrado la casa del piloto y hablaron con sus familiares. Además están estudiando el simulador de vuelo que tenía en su casa. El secuestro, es la principal hipótesis. Algunos medios señalan al piloto, fanático político que apoyaba al líder de la oposición política, condenado a cinco años de cárcel justo el día antes de la desaparición del avión. Algunos malasios consideran esta condena como persecución política y hay quien piensa que el piloto pudo secuestrar el avión como protesta. The Guardian publica que la persona que envió el último mensaje desde el avión, ese que dijo “todo ok, buenas noches”, ya debía saber que los sistemas de comunicación habían sido desactivados de forma manual.