Las filtraciones de 'Lux Leaks' desvelaron en 2014 que Luxemburgo firmó 340 acuerdos secretos con multinacionales, o 'tax rulings', para minimizar el pago de impuesto a expensas del resto de Estados miembros mientras Juncker era primer ministro. El Ejecutivo comunitario inició entonces investigaciones como las de Fiat o Amazon.
El pleno de la Eurocámara llegó incluso a rechazar una moción de censura contra el presidente de la Comisión Europea que había sido planteada por los euroescépticos y la ultraderecha. En aquella ocasión, Juncker admitió que hubo un "exceso de ingeniería fiscal" en Luxemburgo durante su mandato pero descartó que se tratase de una práctica ilegal.
Juncker ha sido invitado por la comisión europarlamentaria investigación y se espera que de explicaciones tanto de su actuación como primer ministro de Luxemburgo como de las acciones emprendidas por el Ejecutivo comunitario para combatir la evasión y la elusión fiscal.