En cada capítulo, la Unidad deberá resolver casos al límite, enfrentándose a situaciones dramáticas excepcionales: bien colectivas, por el número de víctimas implicadas, como secuestros (un avión, un autobús, escolares rehenes en un colegio) o individuales, como la amenaza que pesa sobre una mujer testigo de un asesinato o la búsqueda de un violador reincidente para evitar que vuelva a actuar.
Pero detrás de cada caso hay una historia que nuestros agentes deberán conocer. Para ello, el proceso de investigación está basado en el conocimiento profundo de las víctimas y los criminales; saber cómo son dará la clave para averiguar lo que ha pasado y evitar lo que aún puede ocurrir con la ayuda de avanzados recursos tecnológicos.
Pero no siempre los protagonistas de las historias son delincuentes habituales, en Cuenta atrás también se retratan las circunstancias por las que ciudadanos inocentes terminan cometiendo crímenes: padres que quieren vengar la muerte de algún hijo, víctimas que deciden enfrentarse a su verdugo...