Kyle XY aterriza de nuevo en nuestras pantallas con el estreno de la cuarta y última temporada de la serie, en la que el prodigio científico tratará de convertirse en un chico normal ahora que conoce y controla todos sus poderes. Sin embargo, existen demasiados intereses en torno a él, y Kyle se verá tentado por poderosos desconocidos, traicionado por los que le rodean y en constante alerta para proteger a los que ama en una temporada cargada de heroísmo, acción y suspense.
En el último episodio de la anterior temporada, dejamos a un Kyle confundido ante la desaparición de Amanda tras el baile de fin de curso. Pronto descubriremos quién se esconde tras esta extraña trama: Latnok, una logia de métodos extremos y dudosas intenciones, interesada en el potencial de Kyle y dispuesta a todo para ponerle a prueba. El joven deberá decidir si es suficientemente maduro y ágil en la utilización de sus poderes como para convertirse en el héroe que todos necesitan; ante la duda, contará con el apoyo de Jessi, dispuesta siempre a ayudar al chico del que está secretamente enamorada y a descubrir junto a él nuevos poderes, sin saber que ella misma está siendo también acechada por un gran peligro. Los tentáculos de Latnok son extensos, y podrían atraparla tanto a ella como a cualquier integrante de la familia Trager; son el vínculo emocional de Kyle con el mundo y, por tanto, su punto débil.
Pero Kyle no será el único al que sus sentimientos le jugarán malas pasadas. Declan será incapaz de olvidar a Lori después de dejarla, mientras que ésta no tardará en buscarle un sustituto; Josh y su novia tratarán (sin mucho éxito) de controlar sus alteradísimas hormonas; Amanda se verá incapaz de comprender las rarezas de Kyle; y Jessi desvelará sus verdaderos sentimientos hacia éste, poniendo a prueba la relación entre Kyle y Amanda, aunque también comenzará a sentirse atraída por un nuevo vecino cuya inocente y torpe apariencia esconde oscuros propósitos.
Las nuevas tramas introducirán nuevos personajes y actores dispuestos a meterse en su piel. Hazl Ozsan, visto en "The Unir", "Californication" y "Shark", dará vida a Cassidy, líder de Latnok; y Jesse Hutch, tras colaborar en series como "Smallville" o "Los 4.400", interpretará a Nate Harrison, un científico que verá a Kyle como una amenaza real.