El 23 de febrero de 2002, en los momentos en que se dirigía a la zona de distensión establecida por el entonces presidente Andrés Pastrana con el fin de realizar conversaciones de paz con la guerrilla de las FARC, Ingrid Betancourt, fue secuestrada junto a su acompañante y asesora Clara Rojas. Su secuestro, que tuvo una duración de seis años, cuatro meses y nueve días, mantuvo en vilo a Colombia, así como a Francia y al resto del mundo.
Durante su cautiverio sufrió los rigores de su reclusión en zonas selváticas de Colombia, junto con varios compañeros. Su caso ganó crecientes sentimientos de solidaridad, convirtiéndose en una causa célebre. Su situación dio un dramático vuelco el 2 de julio de 2008, cuando miembros de las Fuerzas Armadas realizaron una operación de inteligencia militar que tuvo como resultado su liberación junto con tres contratistas estadounidenses y once miembros del Ejército Nacional, que habían permanecido secuestrados algunos por más de diez años. Su liberación por medio de la llamada Operación Jaque ha constituido un gran triunfo político para el Gobierno de Álvaro Uribe.