Según ha indicado el Arzobispado de Madrid en un comunicado, el objetivo del museo durante el último decenio ha sido el de "dar a conocer su patrimonio", así como la historia de la Iglesia de Madrid y sus dos patronos, la Virgen de la Almudena y san Isidro Labrador.
A lo largo de estos años el museo ha ido incluyendo diversas reliquias, como "la casulla que usó san Juan Pablo II en la consagración de la catedral de Santa María la Real de la Almudena en 1993" o "el cáliz de Pascua usado en la boda de los Reyes en 2004". Además, los visitantes tendrán la posibilidad de admirar Madrid desde lo alto del templo. El horario de apertura es de lunes a sábados de 10,00 a 14,30 horas.