Carlitos Menem murió el 15 de marzo de 1995, durante la segunda Presidencia de su padre, cuando el helicóptero que pilotaba cayó en Puerto Esther, en Ramallo, provincia de Buenos Aires. También murió la piloto de carreras Silvia Oltra, que viajaba como acompañante.
Las autoridades determinaron que el helicóptero chocó contra una línea de alta tensión, pero la ex mujer de Menem, Zulema Yoma, denunció irregularidades en la investigación y solicitó que se tuviera en cuenta la hipótesis de que el helicóptero hubiera sido derribado.
La polémica se reavivó en 2015 cuando Virginia Vallejo, amante del fallecido narcotraficante colombiano Pablo Escobar, declaró en una entrevista que la muerte del hijo de Menem estuvo relacionada con el blanqueo del dinero de la familia del líder del Cartel de Medellín.
Tras las revelaciones de Vallejo, Yoma volvió a retomar la hipótesis de que la muerte de su hijo fue un atentado y recordó que nunca se realizó una autopsia, además de poner en duda que estuviera enterrado en el cementerio islámico de San Justo.
El propio Villafuerte descartó en 2015 que la muerte de Carlitos Menem fuera intencionada, en base a un informe de la Universidad Nacional que determinó que los orificios encontrados en el helicóptero, que en su momento la Gendarmería Nacional calificó como rastros de impactos de bala, eran en realidad "esquirlas".
Sin embargo, una resolución de la Corte Interamericana de Derechos Humanos (CoIDH) a favor de Yoma ha obligado al juez federal a revisar las últimas conclusiones. El punto de partida es confirmar que los restos mortales corresponden al hijo del ex presidente. Las pruebas correrán a cargo del Equipo de Antropología Forense.