Jose Antonio Alonso es el protagonista de la entrevista de Iñaki Gabilondo en Noticias Cuatro. El portavoz parlamentatio del PSOE valorará el gobierno de José Luis Rodriguez Zapatero y analizará las medidas del ejecutivo para superar la crisis.
En abril de 2006, la dimisión de José Bono como Ministro de Defensa conllevó su nombramiento para el cargo, dejando la cartera de Interior a Alfredo Pérez Rubalcaba. Desde este gabinete envió las tropas del ejército español al Líbano después de la invasión de ese país por su vecino Israel, y aumentó las tropas en Afganistán donde había efectivos desde la anterior legislatura.
En las elecciones generales del 9 de Marzo de 2008 repite como cabeza de lista por el PSOE en la provincia de León y vuelve a derrotar al candidato popular, Juan Morano, por un márgen aún mayor que en anteriores elecciones. El 24 de marzo de 2008 fue nombrado portavoz del PSOE en el Congreso en sustitución de Diego López Garrido.