Tras provocar el fuego en la vivienda, el hombre se quitó la vida. En el interior de uno de sus bolsillos localizaron una nota escrita a mano en la que admitía que fue él quien les mató. Según fuentes de la investigación, la pareja se encontraba en proceso de separación, aunque la madre de los niños lo niega.
Según la autopsia los dos pequeños fueron ahogados en la bañera. Primero a la niña, después al niño, con parálisis cerebral. Luego su padre los dejó en la cama del dormitorio de matrimonio y la prendió. Cerró puertas y ventanas y se fue andando hasta el apeadero donde se quitó la vida.
Lo hizo aprovechando que la madre no estaba en casa. Raquel llegó a tiempo para darles a los bomberos las llaves del piso y facilitar la extinción. Según fuentes policiales, José Alberto llevaba entre sus ropas una nota en la que se despedía y justificaba que lo había hecho para que los niños no sufrieran.
Algunos testigos vieron al parricida salir de casa corriendo para recorrer los dos kilómetros que separan su vivienda de la estación. Entre la pareja no había ninguna denuncia previa por malos tratos.