Una vez se conoció la desaparición del material, la Armada puso el caso en conocimiento del Juzgado Militar de guardia y el juez instructor abrió una investigación.
Según las fuentes consultadas, los controles de los arsenales de las Fuerzas Armadas son habituales y tienen una periodicidad concreta según la naturaleza del arsenal y la unidad de la que se trate que va de días a pocas semanas.