Mientras duerme Steve McGarrett, un intruso entra en su casa para intentar robar la caja de herramientas de su padre. McGarrett consigue descubrirlo pero se da a la fuga, aunque tiene una pista: el rostro era de un japonés, lo que le hace sospechar que el asesinato de su padre podría tener conexiones con la mafia japonesa. Steve empieza a sospechar que su hermana Mary Ann puede haber tenido algo que ver con el asalto a su casa, pero ésta ha desaparecido dejando un reguero de sangre en su apartamento.
McGarrett y Danny consiguen rescatar a Mary, que les confirma que los Yakuza japoneses estaban detrás de su secuestro y del robo en casa de Steve. Además, la mafia japonesa estuvo relacionada con el asesinato de la madre de McGarrett. El agente cree que la bomba que asesinó a su madre estaba destinada para acabar con la vida de su padre. Él y su equipo consiguen identificar al jefe de la mafia Yakuza. Se trata de un hombre empresario rico y con muy buenas conexiones en la vida política. Detenerle será una misión arriesgada y con consecuencias para el equipo de Hawai 5.0.