Beloki fue condenada en 2007 dentro del macrosumario 18/98, seguido contra varias organizaciones de las izquierda abertzale, a un total de 13 años de prisión por pertenencia a banda terrorista, como responsable de comunicación del aparato internacional de ETA.
Meses después, Beloki salió en libertad provisional de la prisión de Nanclares de Oca (Álava), bajo fianza de 6.000 euros, para someterse a un tratamiento de fertilidad. Posteriormente, volvió a ingresar en prisión para cumplir el resto de la condena, en este caso en la cárcel de Villena.