Nacido en Hernani (Guipúzcoa), Querejeta, que también ha trabajado como guionista y como documentalista, creó en 1963 su propia productora con la que ha producido más de cincuenta películas, de las que una buena parte contribuyeron a la renovación de los temas y las formas del cine español del tardofranquismo y la transición.
Entre los directores con los que ha trabajado se encuentran nombres como Fernando León de Aranoa, Carlos Saura, Víctor Erice, Manuel Gutiérrez Aragón o Julio Médem.
Entre sus premios destaca la medalla de oro de la Academia de Ciencias Cinematográficas española, que recibió en 1998.