Un tribunal de Maguncia lo condenó en 2007 a cinco años de cárcel por negar sistemáticamente el genocidio judío a través de Internet y otras publicaciones desde su exilio en Canadá.
La Justicia alemana le impuso la máxima pena por instigación al racismo. En su fallo, el juez argumentó que Zündel era un agitador político peligroso, un provocador, un antisemita extremo y de nacionalsocialista convencido. Además, lo acusó de propagar un discurso incendiario.
Ernst Zündel ingresó en prisión en Alemania en marzo de 2005 tras su expulsión de Canadá, país en el que ya había pasado dos años entre rejas. En 2010 recuperó la libertad.