Flynn fue contratado por un importante turco-americano que cuenta con buenas relaciones con el presidente turco, Recep Tayyip Erdogan, con el fin de investigar al influyente clérigo Fethulá Gulen, al que Ankara señala como promotor del golpe de Estado del pasado mes de julio.
El exasesor de Trump firmó el contrato tan solo tres semanas después de intervenir en la Convención Nacional Republicana y dar su respaldo a la candidatura de Trump.
Antes de que se conociera esta relación con Ankara, Flynn publicó un artículo de opinión el día de las elecciones estadounidenses alegando que se habñia malinterpretado a Turquía, que se encontraba en mitad de unas extensas redadas contra supuestos seguidores de Gulen, y señalando a Gulen como un "islamista radical" y "un sombrío musulmán islámico".
El contrato terminó justo después de las elecciones, cuando Flynn fue designado como asesor de seguridad nacional por el presidente estadounidense. Flynn dimitió tan solo 24 días después cuando se reveló que ocultó ciertos detalles al vicepresidente, Mike Pence, y a otros altos mandos de la Casa Blanca sobre conversaciones telefónicas con el embajador ruso en Washington.