Fernández de Mesa abandonó su cargo en el Ministerio de Economía con el último cambio de Gobierno, cuando fue sustituido por Irene Garrido, anteriormente portavoz de la Comisión de Economía y Competitividad del Congreso de los Diputados.
El exsecretario de Estado accedió a este cargo en 2014 en sustitución de Fernando Jiménez Latorre, que pasó a ocupar la dirección ejecutiva del Fondo Monetario Internacional (FMI) en el grupo que España comparte en el organismo con Colombia, Costa Rica, El Salvador, Guatemala, Honduras, México y Venezuela. Hasta entonces había sido secretario general del Tesoro.
En el sector privado, Fernández de Mesa ha ocupado cargos de responsabilidad en Barclays Capital, donde fue managing director, y en Lehman Brothers, donde fue responsable de financiación del Sector Público e Infraestructuras.