La Gran Oleada Ovni: Un equipo de Cuarto Milenio se ha desplazado a una determinada zona de Andalucía donde a mediados de los setenta se produjeron decenas de avistamientos ovnis. Cientos de personas fueron testigos de esas extrañas luces que surcaron los cielos de Sevilla, Gerena y otras localidades. La prensa de la época se hizo eco dando una cobertura al suceso nunca antes vista en un caso de ufología en España. El investigador José Luis Hermida, el director de la revista Año Cero, Enrique de Vicente y el Coronel Fernando San Agustín, antiguo miembro de los servicios secretos, analizarán este excepcional hecho.
Piel de Cera: Una insólita colección de piezas, que recrean algunas de las enfermedades más terribles que a lo largo de la historia han incidido sobre la piel humana, serán expuestas y analizadas en la Nave del Misterio de la mano del director del Museo Olavide, el doctor Luis Conde-Salazar y del psiquiatra forense José Cabrera. Ambos analizarán los estragos que muchas pandemias han provocado en nuestro cuerpo.
Infiltrados: En la actualidad son varios los grupos que se meten de manera clandestina en parajes abandonados, antiguos edificios oficiales, o lugares emblemáticos en los que el paso del tiempo ha hecho mella y se respira misterio e historia. Cuarto Milenio ha acompañado a alguno de ellos en busca de emociones fuertes e indagar en el legado misterioso oculto entre las ruinas en enclaves enigmáticos
Monte Superstición: Un lugar en el desierto de Arizona donde se busca desde la época de los conquistadores una descomunal mina de oro. Desgraciadamente esa búsqueda ha estado jalonada por multitud de muertes misteriosas.
Además, el programa contará con el análisis de las inquietantes imágenes que los espectadores envían a Cuarto Milenio y el repaso a todas aquellas noticias del misterio, la ciencia, la arqueología o la historia que no aparecen en los informativos convencionales.