La Nave del Misterio se embarca en un viaje hacia la desolación. Un equipo de Cuarto Milenio se traslada hasta la Ciudad del Fin del Mundo. Tras el desastre de la central nuclear de Chernobil, del que dentro de muy poco se cumplirán 25 años, una serie de urbes y aldeas han quedado desoladas.
La vegetación ha provocado anomalías increíbles como bosques teñidos de rojo, lagos con peces de extraordinario tamaño o mutaciones en el entorno y los seres humanos. Asimismo, cementerios de helicópteros y barcos varados el mismo día del accidente más grave ocurrido sobre la faz de la Tierra, nos mostrarán la cruda realidad de lo que allí se vivió. Una realidad que podría volver a suceder y que será recogida por la cámara de Cuarto Milenio. Destaca, en este mapa de la desolación, Pripiat, ciudad de 70.000 habitantes donde ya no vive nadie. Todo quedó suspendido en el tiempo. Y así deberá continuar durante los próximos 27.000 años. Sus pobladores fueron exiliados a la fuerza tras recibir dosis de radiación muy superiores a lo compatible con la vida humana. Los enviados especiales del programa nos traen imágenes exclusivas del interior de La Zona, un área donde el peligro aún existe. Un lugar que nos muestra cómo puede ser el mundo si el hombre sigue su escala de armamento y destrucción. Un testimonio gráfico en primera persona que da fe de la situación actual de uno de los grandes momentos históricos del siglo XX.
Además, el programa analizará las imágenes que los espectadores envían a La Nave del Misterio y hará su habitual repaso a todas aquellas noticias que no recogen los informativos convencionales.