En la búsqueda del factor X juega un papel de trascendental importancia el jurado. Sus tres miembros apadrinarán a cada uno de los grupos, y aunque serán implacables en sus críticas, defenderán a capa y espada a sus protegidos. Serán a la vez tutores, orientadores y jueces de los participantes.
El concurso se estructura en distintas emisiones. En las primeras, se llevará a cabo la selección de participantes. Las últimas serán programas eliminatorios que permitirán no sólo al jurado, sino también al público, votar a sus candidatos preferidos.
La elección de los jueces de Factor X no ha sido fácil. Se trataba de encontrar a tres personas profundas conocedoras del mundo de la música en todos sus aspectos, y que formaran un jurado capaz de discernir la calidad de una interpretación, pero también de conocer aquellas peculiaridades de los cantantes que pueden convertirse en ídolos de la industria discográfica.
Jorge Flo, director de Cadenas Musicales de la SER, Eva Perales, prestigiosa representante de artistas nacionales e internacionales, y el cantante Miqui Puig, han sido finalmente los elegidos.